Die Oberstufe umfasst im G9 die 11. Klasse und sowie die Qualifikationsphase Q12 und Q13. Im Schuljahr 2024/25 gibt es bei uns im sog. "Auffangnetz" (G8) noch Kurse der Q12, die im Frühjahr 2025 zum Abitur führen. Im G9 gibt es im Schuljahr 20214/25 erstmals Kurse in der Q11. Die Schülerinnen und Schüler dieser Kurse werden voraussichtilich im Frühjahr 2026 die Abiturprüfung ablegen. In Jahrgangsstufe 11, der sogenannten Einführungsphase, bereiten sich die Schüler auf die Oberstufe vor und wählen die Fächer und Seminare, die sie in Q12 und Q13 belegen möchten.

Russisch wird seit dem Schuljahr 2017/2018 am Holbein-Gymnasium als Fremdsprache unterrichtet. Das Angebot richtet sich an interessierte Schülerinnen und Schüler des Holbein-Gymnasiums und auch anderer Gymnasien